Ручьи клеят со сдвигом по нескольким причинам. Самая очевидная - сведение к минимуму биения на печати. Помимо этого - если в ручьях разные дизайны, их можно тасовать между собой на тиражах в разных комбинациях. Если испортили форму, то переделать ее на один ручей всегда дешевле, чем на всю ширину монтажа. Ну и коэффициент раскроя фотополимера конечно. Чем меньше формы, тем проще раскроить пластину с минимальным отходом.
Насколько сдвигать? Тут все просто: делите высоту одного сюжета пополам, полученное значение делите на количество ручьев минус 1. Например, высота дизайна 200 мм, 3 ручья. (200/2)/(3-1)=50мм.
Хотя это необязательно, каждое производство формирует свои правила. Просто желательно чтобы эти правила были понятны всем участникам процесса

Расстановка микроточек зависит от наклеечного оборудования и квалификации персонала. Лучше обсудить этот момент с начальником соответствующего подразделения. Частый вариант - сдвигать микроточки на ручьях таким образом, чтобы они образовывали в процессе наклейки прямую линию.
Это проще для наклейщиков, но лишает вас возможности менять при необходимости ручьи местами и иногда микроточки попадают на не самое удачное место в дизайне. Проще ставить центральноосевые точки по всем ручьям и учитывать при наклейке заранее рассчитаный сдвиг. Ширина прозрачных боковых кромок зависит от возможностей вашей резки. Обычно 1мм с каждой стороны вполне хватает, но опять-же - лучше проконсультироваться в цеху.