Ответ: Экспорт в PDF
Не знаю, что и думать. Снес полностью CS4, поставил по-новой. Проверил на "чистой" версии 6.0.1, затем поставил обновление 6.0.5 - та же беда с ai-файлами, внедренными в indd. Итак, могу получить нормальный pdf при внедеренных ai только из отдельного документа, из коллекции...