Ответ: Overprint previw
Я не ленивый и сделал махонький пример.
Беру растр 300дпи - сохраняю две копии: один в шоп EPS, другой в DCS 2. Кладу их рядом в Кварке и Инди. Вывожу ПС->ПДФ. Проверяю ПитСтопом результаты:
Кварк 5,0,1: сепарированный - оба растра 300дпи; композитный - шоп EPS 300дпи...