Ну, для начала, попробуй деинсталлировать драйвер сканера. Если после этого ФШ станет запускаться нормально, без пауз, то значит дело в драйвере сканера.
Кстати, посмотри, что находится в списке File > Import. Может там есть ещё какие-нибудь twain устройства кроме сканера?