Ответ: MathType и Indesign
Единственного и верного решения, насколько я понял не выработано.
Через WMF кирилица экспортируется хорошо, но имеет место сдвиги кернинга, буквы наезжают друг на друга причем, в некоторых формулах такого нет. в некоторых есть.
Работает только через Insert symbol...