Сочувствую. От Non-Nаtive Art избавиться сложно
Я случайно дичашее решение нашел. Макет в PDF формате с Non-Nаtive Art вставлял в лейаут Prinect SignaStation. Выводил в PDF формат. Этот пдф дальше иллюстратором уже открывался без Non-Nаtive Art. Т.е. все объекты адекватно редактировались