Ответ: скорость
Скорее всего тормозит из-за сложности верстки и выставленного стандарта при экспорте PDF/X-1a, который не понимает прозрачность и начинает нарезать картинки и тд и тп.
Если готовите для типографии, не скупитесь на время, пусть хоть всю ночь экспортирует, вам надежнее и...